A menudo, durante su época con la Orquesta de Filadelfia, Stokowski realizó y ejecuto transcripciones orquestales de obras de diversos compositores, especialmente Bach. La más conocida de estas transcripciones es la de la Toccata y fuga en re menor de Bach, que originalmente es una pieza para órgano. Frecuentemente, Stokowski interpretó esta obra durante sus primeros años como organista; fue una de sus primeras grabaciones con la Orquesta de Filadelfia; apareció en disco en 1927. El director-orquestador escribió:

"La Toccata y Fuga en re menor es como una vasta rebelión de la naturaleza. Da la impresión de inmensas nubes blancas y tormentosas -como las que a menudo flotan en el aire del Sena- o la monumental majestuosidad del Himalaya. La Fuga está comprendida en el marco de la Toccata, que la precede. Esta obra es una de las supremas inspiraciones de Bach; la cadencia final es como un “conjunto masivo de columnas dóricas de mármol blanco."

Como prólogo a la orquestación de la Toccata y Fuga, Stokowski escribió: "De toda la música de Bach, esta Toccata y Fuga se encuentra entre las piezas más libres en cuanto a forma y expresión. Bach tenía el hábito de improvisar en el órgano y el clave y esta Toccata probablemente se inició como una improvisación en la iglesia de Santo Tomás en Leipzig. En esta iglesia enorme, angosta, elevada, las armonías atronadoras deben haber resonado larga y tempestuosamente porque la música tiene una potencia y una majestuosidad cósmica. Sus principales características son una inmensa variedad de ritmo y la plasticidad de la melodía. En la secuencia de armonía es audaz e innovadora. Su arquitectura tonal es irregular y asimétrica. De todas las creaciones de Bach, esta es la más original. Su inspiración fluye incesante. El espíritu es universal, de modo que siempre será contemporánea y transmitirá un mensaje directo a todos los hombres."

La Toccata y Fuga es una obra especialmente apropiada para la orquesta moderna. Sus sonoridades macizas, su figuración brillante que sugiere una improvisación y su abierta potencia emocional parecen reclamar a gritos un tratamiento sinfónico. Además, sus figuras que se alternan rápidamente entre notas de dos o tres registros diferentes, sugieren más bien que hubiera sido escrita para cuerdas en vez de órgano.